מינהל מעברי הגבול אמון על הפעלת כלל מעברי הגבול הבינלאומיים מתוקף חוק הכניסה לישראל, חוק האזרחות והחלטות ממשלה. המינהל פועל תחת מנכ"ל רשות האוכלוסין והגירה למימוש מדיניות הרשות ומדיניות שר הפנים בנושא ביקורת ובקרת הגבולות, מהווה גוף מקצועי ומנחה לבקרי הגבול, מתאם את גופי המינהל השונים, מייעץ למנכ"ל הרשות ומתכלל את עבודת המטה מול גורמי חוץ בנושאי ביקורת הגבולות.

• מינהל מעברי גבול מתכלל את עבודתו באמצעות 5 אשכולות מרחביים על מנת לאפשר גמישות תפעולית בעת הצורך.
• מערך ביקורת הגבולות הינו מערך מבצעי אשר אמון לתת שרותי ביקורת גבולות 364 ימים בשנה (למעט יום כיפור) 24 שעות ביממה  בכפוף לשעות פתיחת מעברי הגבול השונים.
• בישראל קיימים 23 מעברי גבול בינלאומיים בחתך של מעברים אווירי (6 מעברים) מעברים ימיים (9 מעברים) מעברים יבשתיים (8 מעברים).

תפקידי המינהל

• ביצוע ביקורת גבולות לכלל העוברים במעברי הגבול השונים.
• מתן רשיונות ישיבה בהתאם למעמד העובר וקביעת תנאים לכניסת העובר במידת הצורך (סרוב כניסה, הגבלת משך שהייה, ערבות להבטחת יציאה).
• מתן שרות למעוכבי כניסה ויציאה ותישאולם במידת הצורך.
• מתן מענה מקצועי לבקרי הגבול בכל סוגיה שמתהווה במעברי הגבול השונים.
• הדרכת בקרי הגבול, שמירה על רמת כשירותם וקביעת נורמות השרות.
• קיום קשרי עבודה מקצועיים עם גורמי חוץ שונים, כמו: משרדי ממשלה, גורמים ביטחוניים וגורמי אכיפה שונים.
• מתן חוות דעת מקצועית למנכ"ל הרשות וגורמי מקצוע שונים.
• תפעול ופיתוח מערכות לרישום ביקורת גבולות ואחזקתן.
• איסוף ועיבוד נתונים סטטיסטיים.